Nakon prvih višestranačkih opštih izbora u SR BiH u decembru 1990. godine izabran je za predsjednika Narodne skupštine SR BiH, a dvije godine kasnije postaje i prvi predsjednik Skupštine Republike Srpske. Na toj funkciji ostaje do 1996. godine kada je izabran za člana Predsjedništva BiH iz Republike Srpske (1996. do 1998).

Krajišnik je u aprilu 2000. godine uhapšen na Palama od strane francuskih komandosa u sklopu SFOR. U momentu hapšenja Krajišnik je bio u kući svojih roditelja, te je prebačen u Hag gdje je pritvoren.

Haški tribunal ga je optužio za zločin protiv čovječnosti, etničko čišćenje i genocid. Šest godina kasnije proglašen je krivim i osuđen na 27 godina zatvora za istrebljenje, ubistva, progone na političkoj, rasnoj ili vjerskoj osnovi, deportacije i nečovječno postupanje, kao i zločine protiv čovječnosti, ali ne i za genocid.

U martu 2009. godine Haški sud mu je kaznu smanjio na 20 godina zatvora. Tribunal je Krajišnika 8. septembra 2009. prebacio na izdržavanje kazne u Veliku Britaniju. Na slobodu je pušten 30. avgusta 2013. godine poslije odslužene dvije trećine kazne.

Po povratku u BiH Krajišnik se nije vratio na političku scenu, ali je osnovao Asocijaciju „Stvaraoci Republike Srpske“ koja okuplja prve ratne funkcionere Srpske

Iako se nije mnogo eksponirao u javnosti, Krajišnik je ljetos izazvao buru negodovanja nakon što je Asocijacija na čijem se čelu nalazi potpisala sporazum sa političkim strankama iz Srpske kojim se obećava isplata valorizovane ratne naknade poslanicima prvog saziva Narodne skupštine Republike Srpske, članovima Vlade i tri člana Predsedništva.

Ovaj sporazum je izazvao oštre reakcije demobilisanih boraca VRS i porodica poginulih boraca, te RVI. Većina partija kasnije je povukla svoj potpis sa tog sporazuma.